Ledes av Siv June Hansen. Divisjonen skal jobbe for å sikre høsting av marine ressurser i samsvar med nasjonale og internasjonale reguleringer og en akvakulturnæring som driver i tråd med fastsatte krav.
Ledes av Karl Rune Markussen. Døgnbemannet vaktsenter som overvåker norske og utenlandske fiskefartøy sine bevegelser og rapportering. Tar imot meldinger om hendelser/situasjoner langs kysten som kan påvirke fiskeri og oppdrett negativt (beredskap), videresende informasjon.
Ledes av Gudrun Egge. Fatter vedtak i 1. instans på saker som er utredet av de andre seksjonene i avdelingen. Deltar i team med andre seksjoner ved behov. Faggrupper/team for systemavvik og vinningsavvik.
Ledes av André Heggstad. Spisskompetanse på kriminalitet, samarbeid med A-krimsenter og andre aktører/nettverk/etater. Organisering i faggrupper/team for gransking, analyse av uønskede hendelser, kriminalitetsoppfølging (vinning).
Ledes av Britt Leikvoll. Forvaltning og utvikling av regelverk for akvakulturtilsyn, rådgivning til departement, utarbeidelse av retningslinjer, bestilling av kunnskapsstøtte mv. som er nødvendig for tilsynsarbeidet. Samarbeid med seksjon for analyse og risikovurderinger om risikovurderinger. Utarbeide føringsbrev for akvakulturtilsynet.
Ledes av Thord Monsen. Forvaltning og utvikling av regelverk for fiskerikontrollen, rådgivning til departement, utarbeidelse av retningslinjer, bestilling av kunnskapsstøtte mv. som er nødvendig for kontrollarbeidet. Samarbeid med seksjon for analyse og risikovurderinger om risikovurderinger. Utarbeide føringsbrev for fiskerikontrollen.
Ledes av Knut Lervåg. Seksjonen jobber oppdragsbasert og sammenstiller data og objekt tematisk i samarbeid med andre seksjoner i divisjonen. Digitaliseringsbistand til andre enheter i divisjonen. Bidrar i informasjonsforvaltningsarbeidet og bistår øvrige seksjoner i divisjonen med analyse og statistikkarbeid. Risikostyringsprosessen for kontroll og tilsyn med fiskeri og akvakultur, utvikling av felles metodikk og digitalisering. Forvaltning og utvikling av nødvendige verktøy, som for eksempel Saga.
Ledes av Rolf Harald Jensen. Fiskeridirektoratets sjøtjeneste gjennomfører kontroll på havet, av både fangst og fiskeredskaper. Operativ risikohåndtering sjø.